Dans la saison 1 , nous connaissons tous Nathan Royal Scott, sous ses grands airs arrogants, et son côté bad boy. Demi-frère de Lucas, c'est uniquement lui qui a été élevé par Dan Scott leur père. Il vit alors dans l'argent, et fait ce que bon lui semble. Grand joueur de basket , il est le capitaine de l'équipe de Ravens de Tree Hill. Mais Lucas entrera dans l'équipe , et là , le jeu de compétition ce jouera vite entre les deux frères. Nathan cherchera à ce venger en se servant de Haley, tutrice au lycée de Tree Hill, et meilleure amie de Lucas. Mais Nathan se rendra compte que son coeur à laisser tomber la vengeance, et il tombera amoureux de la belle Haley, qu'il épousera en fin de saison 1.
Dans la saison 2, Nathan devenu un mari, à changer beaucoup dans sa vie. Il vit en ménage avec Haley, et continu toujours le basket. Mais le couple Naley connaîtra quelques difficultés... La soeur d'Haley débarque à Tree Hill, et il s'avère que cette soeur en question ( Taylor ) est la fille avec qui Nathan a fait l'amour pour la première fois. Haley y passera difficilement mais finira par l'accepter. Mais Nathan verra sa femme s'éloigner qui se plonge dans un univers qu'elle aime , la musique. Elle quittera Nathan pour partir en tournée avec Chris Keller. Nathan déprimera pendant un long moment, se soûle ( même en cour ), et finira par avoir un terrible accident de voiture sur le circuit de son oncle qui aurait put lui coûter la vie. A son réveille, Nathan décide d'envoyer des papiers d'annulation de mariage à Haley, et se prépare à partir à High Flyers. Mais Haley revient à Tree Hill ...
Dans la saison 3, Nathan pardonnera difficilement à Haley, mais ils finiront par se remettre ensemble. Mais le couple, départagé entre leur deux passions se verra séparer par leur rêve futur, la fac... Haley veut aller à Standford , Nathan lui Duke . Puis un peu plus loin, Nathan demandera à nouveau Haley en mariage, et ils se remarient devant tous leurs amis à la fin. Mais le dernière épisode de cette saison est marqué par l'accident sur le pont, où Nathan reste bloqué sous l'eau.
Dans la saison4 , Nathan apprend qu'il est pris à Duke, tandis qu'Haley lui annonce qu'elle est enceinte. Nathan réagis mal, mais fini par accepter cette nouvelle et joue un bon rôle de futur papa. Le couple rencontre quelques difficultés en argent, Nathan s'associe alors à Daunte pour sauver sa famille. Mais Daunte jouera le tout pour le tout, et demandera à Nathan de perdre la finale du championnat. Parti sur cette idée Nathan commencera à raté le match, mais quand Haley lui annonce qu'il va avoir un fils, Nathan gagne le championnat. Tree Hill vainqueur, le couple ce décide à rentré chez eux. Mais Daunte , trahi par Nathan, renversa Haley, qui fini dans le coma à l'hôpital. Haley sans sort, et Naley deviennent parents...
Dans la saison 5 , Nathan ce retrouve paralysé à cause d'une stupide baguarre qui a mal tournée. Il se laissera allé, passera ses journées chez lui, et se soûlera. Mais avec force et efforts, il relève la tête, et repars sur une belle vie de famille, et reprend le basket. Il s'occupera avec brio de son fils, Jamie Lucas Scott, âgé alors de 4 ans.
Dans la saison 6, Nathan est pris dans une équipe de Slamball. Haley s'inquiète énormément pour son dos, mais leur couple est plus solide que lors de la saison précèdente. Nathan va notamment se rapprocher de Owen, l'ex petit ami de Brooke. Un moment après, Nathan se présente aux essais pour jouer en équipe pro qu'il réussit. Il devient pillier dans la ligue 2 de basketball. Malgré quelques accrochages avec un des ses coéquipiers, Nathan essaie de s'impliquer au maximum dans son jeu et dans sa nouvelle équipe. Il refuse une offre de jouer pendant 2 ans en Europe car il espère que la NBA lui offre une chance et il donne sa place à un ancien joueur de son équipe. Alors qu'il croît que ses chances de jouer en NBA sont minces, Nathan est recruté par les Charlotte Bobcats de Charlotte.